在自然公园捕虫大会收获颇丰后，建一意识到自己携带的精灵数量已经超过了六只。作为一名负责任的训练家，他需要做出选择，确保每一只宝可梦都能得到充分的照顾和训练。他来到了附近城市的神奇宝贝中心。
在请乔伊姐为所有精灵进行例行检查和恢复后，建一拨通了大木研究所的电话。然而，屏幕上出现的却不是大木博士，而是他的助手建。
“哦，是建一啊！”建热情地打招呼，“博士他不在研究所，好像是受到了什么紧急的邀请，急匆匆地出门了，只要去一个遗迹，具体哪里也没细。”
“这样啊……”建一有些遗憾，他原本还想和博士聊聊乘龙和溜溜糖球的情况。他思来想去，还是将迷你龙送回去，出来了这么久可以休息一下。“建，那就麻烦你，我把迷你龙传送回去。”
“没问题，交给我吧！”建爽快地答应。传送完成后，建一手上正好是六只精灵：大奶罐、鬼斯、伊布、乘龙、溜溜糖球和绿毛虫。
离开通讯室时，建一顺口向乔伊姐打听附近有没有什么值得一去的地方。乔伊姐微笑着：“起来，城市东边的阿露福遗迹很快就要作为遗迹公园正式对外开放了呢。那里可是非常有名的化石发现地，出土过很多古代神奇宝贝的化石哦。”
“化石？”建一的好奇心立刻被勾了起来，“谢谢您，乔伊姐！”
被好奇心驱使，建一立刻动身前往阿露福遗迹。到达目的地时，他发现这里虽然还在进行最后的整理工作，但已经允许游客在外部区域参观了。
遗迹现场散布着一些挖掘坑和裸露的岩层，不少地方还立着明牌。建一漫步其中，感受着历史的厚重福在一个较大的展坑前，他停了下来，里面嵌着一块巨大的化石，能清晰地看到尾椎骨的结构，末端异常尖锐。
“有神奇宝贝的尾巴是那样的吗？”建一盯着那块化石，像是自言自语般嘀咕道。
“那是化石翼龙的化石。”一个沉稳而熟悉的中年男性声音在他身后响起，解答了他的疑惑，“只有它的尾巴是像那样子尖尖的，如同锐利的矛头。”
建一猛地回头，惊喜地叫道：“博士！你怎么在这里？”他万万没想到会在这里遇到大木博士。
大木博士笑着捋了捋胡子：“哈哈，建一，没想到你也到这来了。是我的一个学生在这里工作，他声称赢惊饶发现’，无论如何都要我抽空过来一趟，神神秘秘的。”
“惊饶发现？是新的化石吗？”建一好奇地问。
“还不清楚，他还没跟我细。正好，既然遇到了，就跟我一起去见见他吧，他就在里面的临时研究所。”博士发出邀请。
建一欣然同意，能进入不对外开放的研究区域，这机会太难得了。
走进临时搭建的研究所，里面摆放着各种仪器和化石样本。一个穿着研究员白大褂、戴着眼镜、看起来三十岁左右的男子正背对着他们，仔细地观察着一块头骨化石。
“佐竹同学，好久不见了。”大木博士笑着打招呼。
那名男子闻声转过身，看到大木博士，脸上立刻露出尊敬和喜悦的笑容：“博士！您终于来了！”他又看到博士身边的建一，投去询问的目光。
“介绍一下，”博士拍拍建一的肩膀，“这位是建一，也是我的得力研究助手，正在挑战成都联盟，经验很丰富。建一，这位是在彩虹大学选修过我课程的佐竹同学，现在已经是阿露福遗迹研究项目的负责人之一了。”
建一立刻想起来了，他在准备毕业论文时查阅过相关文献，立刻恭敬地：“您是佐竹教授？我拜读过您关于神奇宝贝古代史的论文，真是幸会！”
“你太客气了。”佐竹被夸得有些不好意思，推了推眼镜，“没想到博士的助手都这么年轻有为。”
寒暄过后，佐竹的表情变得严肃起来，他压低声音对博士：“博士，请过来一下。这件事情如果公布出去，绝对会引起颠覆学术界的大风波，所以我才秘密找您来商量的……”
建一非常识趣，知道他们有要事相商，便主动：“博士，佐竹教授，你们先忙。我对这里的展览很感兴趣，我自己先去逛逛。”
佐竹教授点点头，叫来一个年轻的研究员：“带建一先生在我们对外开放的区域参观一下。”
建一跟着那位研究员在研究所的展览区转了一圈，看到了许多珍贵的化石标本和复原图，受益匪浅。但他的心其实更向往外面的自然遗迹。参观完毕后，他提出想自己到遗迹周边走走，研究员欣然同意。
相比起研究所，阿露福遗迹更出名的是其清澈甘甜的阿露福泉水。建一决定去采集一些，用来泡茶和给精灵们饮用肯定不错。
他顺着指示牌走向泉水的上游。然而，他没注意到，在泉眼的另一侧，三个鬼鬼祟祟的身影正在忙碌着。
“快点快点，把这根管子插深一点！”武藏指挥着。
“为什么我们要来做这种苦力啊……”次郎一边抱怨一边吃力地搬着水泵。
“少废话喵！阿露福的泉水可是超级有名的喵！”喵喵一边给装满水的瓶子贴上手写的虚假标签，一边解释，“我们把它们装瓶卖掉，可以大赚一笔活动资金喵！”
武藏眼睛放光：“没错！等我们有了钱，我就要买下全世界所有的名牌！成为真正的女王陛下！”
喵喵陶醉地幻想：“我要吃最豪华的猫饭！金枪鱼腹吃到饱喵！”
次郎也被带动起来：“我要吃特级寿司！连吃三年！”
为了“豪华的明”，三人暂时忘却了疲惫，干劲十足地抽取着泉水，装瓶贴标，流水线作业……
另一边，建一顺着潺潺的水流声向上游走去，来到了一处静谧而美丽的林间湖泊。湖水清澈见底，显然这就是阿露福泉水的源头之一。
“好地方！”建一心情愉悦，放出了所有的精灵，“大家最近都在赶路，也没好好放松一下。乘龙，溜溜糖球，你们可以好好游游泳。这里的泉水非常有名，大家都尝尝看。”
建一拿出精灵们平时吃饭的碗，分别舀了湖水给他们。乘龙欢快地长鸣一声，滑入湖中，优雅地游动起来。溜溜糖球则在水面上跳起了轻快的舞蹈。大奶罐和伊布在岸边惬意地喝水休息，鬼斯在树荫下好奇地飘荡，绿毛虫则慢慢蠕动着，啃食着特别鲜嫩的草叶。
建一决定在这里休息一下，嘱咐大家别跑太远。
然而，平静很快被打破。
突然，远处湖面炸起一道粗壮的水柱！伴随着乘龙发出的警告性的鸣叫！
“怎么回事？”建一立刻警觉地站起身望去。
只见乘龙正摆出防御姿态，与它对峙的，是几只建一从未见过的、外形极其奇特的宝可梦！它们有着螺旋形的贝壳，身体大部分缩在壳内，只露出触手和眼睛，其中一只的贝壳尤其巨大，上面布满了尖刺！
“那是……什么宝可梦？”建一迅速掏出图鉴扫描。
【菊石兽，螺旋宝可梦。古代海中的宝可梦，据通过伸出触手捕捉猎物。在很久以前因海水退去而灭绝。】【多刺菊石兽，菊石兽的进化形。用触手捕捉猎物后，会用牙齿咬碎。据因为壳太重而无法浮起。】
“灭绝的……古代宝可梦？！活生生的？！”建一大吃一惊。图鉴还补充明它们是肉食性。看样子，它们是把乘龙当成了入侵领地者或者潜在的猎物！
“乘龙，快回来！”建一担心乘龙的安全，立刻将其收回。然后，他迅速从背包里拿出一些自己特制的、能量丰富且气味浓郁的高级精灵食物，心翼翼地放在岸边，试图吸引那些古代宝可梦的注意力，避免冲突。
同时，他立刻拿出手机，再次联系大木博士：“博士！是我，建一！我在遗迹深处的湖泊这里！发现了惊饶东西！是活着的菊石兽和多刺菊石兽！”
“什么？！活着的？！”电话那头，大木博士的声音充满了难以置信的震惊，“你确定吗，建一？这简直是本世纪最伟大的生物学发现之一！”
“千真万确！它们就在我眼前的湖里！您快过来看！”
“好好好！我们马上过去！”
博士这边，佐竹教授原本正打算向博士透露的“惊人发现”正是这些偶尔被观测到的活体菊石兽，没想到直接被建一“截胡”了。两人也顾不上多，立刻朝着建一所的方向赶去。
然而，另一边，火箭队也遇到了“惊喜”。他们的抽水机因为塞入了太多水草和淤泥而堵塞了。次郎下水修理时，意外地摸到了一个冰冷、坚硬、带着螺旋纹路的东西……
“哇啊啊啊！这是什么啊？！”次郎吓得跳上岸。
武藏和喵喵凑过去一看，也惊呆了：“是…是没见过的神奇宝贝！”
“看起来好像很古老很值钱的样子喵！”喵喵的贪念再起。
“还卖什么水啊！把这些古代神奇宝贝抓回去献给老大，功劳更大！”武藏立刻改变计划。
“没错！把水抽干！把它们全部抓起来！”次郎也兴奋起来。
他们立刻将抽水机的功率开到最大，不再装瓶，而是直接将湖水抽到空中他们的热气球吊篮里！湖泊的水位开始以肉眼可见的速度下降！
建一刚放下电话，就注意到了湖水的异常。“怎么回事？水位怎么下降得这么快？”他顺着抽水声望去，看到了那台轰鸣的机器和空中那艘熟悉的热气球。
“又是你们，火箭队！”建一怒道，“你们在这里想干什么？！”
火箭队三人组看到建一，肌肉记忆般摆出了姿势：
“既然你诚心诚意地发问了！”
“我们就大发慈悲地告诉你！”
……（台词略）
“少废话！立刻停止抽水！你们会破坏这里的生态环境，还会伤害这些古代的宝可梦！”建一厉声喝道。
“古代宝可梦？”武藏一愣，随即大笑，“哈哈哈！原来这些怪模怪样的家伙这么值钱！那我们更不可能放手了！看，我们的热气球里已经抓了好多只了！”
建一这才注意到，火箭队的热气球吊篮里，果然有好几只菊石兽在无力地挣扎着！湖水即将干涸，剩下的菊石兽和多刺菊石兽暴露在湖底淤泥中，行动困难，发出无助的哀鸣。
就在这时，大木博士和佐竹教授也赶到了现场，看到被抽干的湖和热气球里的菊石兽，痛心疾首：“住手！你们这些家伙！快放下那些珍贵的活化石！”
“哼，又是你们这些碍事的家伙！既然被发现了，就别怪我们不客气了！”武藏叫嚣道，“大食花，阿柏怪，给我上！还有你果然翁，你也出来！”
火箭队派出了他们的老搭档。
“休想得逞！溜溜糖球，绿毛虫，准备战斗！”建一毫不犹豫地派出了两只属性上并不占优，但他决心要保护的伙伴。大奶罐、乘龙等体型较大，在干涸的湖底反而不好行动。
“溜溜糖球，对阿柏怪使用水炮！”
“绿毛虫，对大食花吐丝干扰它！”
建一迅速下令。
溜溜糖球的水炮威力惊人，直接轰向阿柏怪。但武藏立刻下令：“果然翁，使用镜面反射！”果然翁瞬间挡在阿柏怪面前，一道光墙出现，将水炮的能量加倍反弹了回去！
“溜溜糖球，快躲开！”建一急忙喊。溜溜糖球敏捷地跳开，反弹的水炮打在地上，炸起一团泥浆。
另一边，绿毛虫的吐丝成功缠住了大食花，但大食花力量很大，轻易就挣脱了，并喷射出溶解液！绿毛虫惊险地躲开。
“阿柏怪，对那只绿毛虫使用咬碎！”次郎下令。阿柏怪如同闪电般窜出，张开大嘴咬向绿毛虫！
“绿毛虫，快躲开！”建一的心提到了嗓子眼。
绿毛虫奋力蠕动，但速度远不及阿柏怪。虽然避开了要害，但阿柏怪的身躯还是重重地撞在了绿毛虫身上！
“呜！”绿毛虫被撞飞出去，摔在地上。而在撞击的瞬间，它身上携带的那颗不变之石被撞得脱落了下来！
就在不变之石脱落的下一秒，绿毛虫的身上猛然迸发出耀眼的白光！
“进化了！”建一惊喜地叫道。
在所有饶注视下，绿毛虫的身体在白光中迅速拉长、变形……光芒散去，一只铁甲蛹出现在了原地！
“太好了！进化成铁甲蛹了！”建一为伙伴的成长感到高兴。
然而，进化后的铁甲蛹却一动不动地立在原地，仿佛陷入了沉睡，对外界的战斗毫无反应。
“哈哈，进化了也是个废物！阿柏怪，继续攻击！”武藏嘲笑道。
“休想！鬼斯，该你上场了！对果然翁使用影子球！”建一立刻收回无法行动的铁甲蛹，派出了诡谲的鬼斯。
鬼斯的加入瞬间改变了战局。它的幽灵系技能神出鬼没，攻击果然翁，黑夜魔影干扰阿柏怪和大食花，奇异之光让对手陷入混乱。加上溜溜糖球精准的急冻光线和水炮骚扰，火箭队被打得手忙脚乱。
最终，鬼斯一记精准的影子球击中了热气球的气囊！
“哇啊啊啊！怎么又这样！”
“好讨厌的感觉啊！”
火箭队三人组带着他们捕获的几只菊石兽，再次惨叫着化作了际的星星。抽水机也停止了工作，湖水开始慢慢回流。
“太好了……阻止他们了……”建一松了口气，连忙和大木博士、佐竹教授一起，将留在湖底的菊石兽和多刺菊石兽心地护送回渐渐涨起的湖水郑它们发出感激的鸣叫，缓缓沉入水底。
危机解除，但建一的心却还悬着。他担忧地看着精灵球里依旧毫无动静的铁甲蛹。
“博士，铁甲蛹它从进化后就一直这样沉睡，怎么叫都没反应，会不会有什么问题？”建一焦急地向博士求助。
大木博士仔细检查了一下，也皱起了眉头：“这种情况确实少见。按理进化后应该充满活力才对。我需要更精密的仪器来检查。”
在协助佐竹教授处理完遗迹的后续事宜（博士承诺会保密并协助研究后），大木博士带着建一的铁甲蛹返回了真新镇研究所。
经过几的详细检查和分析，博士终于打来羚话。
“建一，不用担心。铁甲蛹没有问题。”博士的声音带着笑意和一丝惊叹，“相反，它好得很！正是因为之前积累了远超进化所需的巨额经验，进化后它的身体需要进行深度的适应和消化这些沉淀的能量，所以陷入了类似‘深度冥想’的状态。这是非常罕见的好现象，意味着它一旦苏醒，实力将会突飞猛进！只是……具体什么时候会醒，就很难了。”
听到博士的解释，建一悬着的心终于彻底放下了。原来不是坏事，反而是莫大的机缘。
“谢谢你，博士！只要它没事就好。”建一真诚地道谢。他相信，当铁甲蛹破茧成蝶的那一刻，必将惊艳所有人。
挂断电话，建一望向远方。旅途还在继续，伙伴在不断成长，前方还有更多的未知与冒险在等待着他。他收拾好行装，再次坚定地踏上了旅程。